人全基因组重测序分析

产品简介

人全基因组测序（Whole Genome Sequencing，WGS）是基于人基因组参考序列对个体或群体进行全基因组测序，并在个体或群体水平进行分析的方法。

全基因组测序可更全面地挖掘基因序列差异和结构变异，包括单碱基突变、插入缺失变异、拷贝数变异和结构变异，可用于基因多样性分析、遗传进化分析以及致病和易感基因筛选等，已成为人类遗传学、转化医学和群体进化领域最为迅速而有效的方法之一。

技术路线

分析内容

标准分析	1. 数据质控：去除接头污染和低质量数据 2.与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度 3. SNP／InDel／CNV /SV检测、注释及统计 4.基因组变异 Circos 图
高级分析	（一）基于变异有害性的筛选 1. 突变位点筛选 （1）筛选的突变过滤已知数据库； （2）筛选的变异保留编码区或剪切位点区的变异位点； （3）氨基酸保守性预测 2．突变位点有害性分类（ACMG） 3．Non-coding 区突变位点筛选 4．结构变异 CNV/SV 有害性分析 （二）基于选样信息的筛选 1．显性／隐性遗传模式分析（需提供家系图） 1.1 显性遗传模式 1.2 隐性遗传模式 2．家系连锁分析（家系样本） 3．纯合子区域（ROH）分析（近亲结婚家系样本） 4．共有突变基因筛选（散发样本） （三）基于基因功能和表型的筛选 1．候选基因功能富集分析 2．候选基因通路富集分析 3．候选基因与疾病相关性排序 （四）个性化分析 1. GWAS分析 2. 其他个性化分析

案例展示

Whole genome sequencing resource identifies 18 new candidate genes for autism spectrum disorder

全基因组测序鉴定出18个新的自闭症谱系障碍候选基因

加拿大多伦多的研究团队在Nature·Neuroscience上发表文章，公布了最大的自闭症谱系障碍全基因组测序数据。

研究人员搜集了5205个自闭症样本，通过不同测序平台进行全基因组测序。测序发现每个个体平均鉴定出73.8 个新的单核苷酸突变，12.6 个新的InDels 或拷贝数变异。经过与数据库比对分析，鉴定出61 个泛自闭症障碍的风险基因，其中包含18 个没有被报道过的基因。携带这些基因变异的患者有较低的社会适应能力。本研究通过大样本的全基因组测序，为自闭症的后续研究、分子诊断及药物开发提供了基础。

C Yuen Ryan K,Merico Daniele,Bookman Matt et al. Whole genome sequencing resource identifies 18 new candidate genes for autism spectrum disorder.[J] .Nat. Neurosci., 2017, 20: 602-611.